V místě dnešního svatostánku postaveného v letech 1908–1912 dříve stávalo městské vězení s mučírnou zbudované již v 15. století. Bylo svědkem zajetí a smrti moravského kněze, dnes jednoho z nejvýznamnějších českých světců. Ten zde skonal roku 1620 po čtyřech výsleších spojených s torturou, jejímž následkům poté ve své cele podlehl. Na tuto historii upomínají zachovalé dobové předměty, konkrétně skřipec s natahovacím kolem v podzemí. Ten se stal jedním z hlavních artefaktů sarkandrovského světeckého kultu.
A kdo vlastně byl Jan Sarkander? Tento kněz a farář v Holešově, žijící v letech 1576–1620, se stal obětí intrik po bitvě na Bílé hoře. Celý jeho život, smrt i následné uctívání jsou dodnes velmi kontroverzním tématem z pohledu historického i náboženského, přesto je to reálný příběh, který se v centru Hané v minulosti skutečně odehrál. Jeho postava byla svatořečena roku 1995 papežem Janem Pavlem II., který toho roku Olomouc osobně navštívil.
První kaple v těchto místech vznikla již po Janově smrti, její velikost ovšem nestačila rostoucímu kultu, proto byla roku 1724 architektura svatyně rekonstruována a rozšířena pod taktovkou olomouckého stavitele Jana Jakuba Kniebandla (1670–1730). Ten například spolupracoval i s jedním z nejvýznačnějších dobových umělců Janem Kryštofem Handkem (1694–1774), který vymaloval stěny interiéru na motivy ze Sarkandrova života a tragické smrti.
I takto přestavěná kaple však nevyhovovala stále rostoucí světecké úctě, proto byla počátkem 20. století znovu přebudována, tentokrát ve stylu historizujícího romantismu architektem Eduardem Sochorem (1862–1847). Nová fresková výzdoba je pak dílem akademického malíře Jano Köhlera (1873–1941). Před kaplí samotnou je osazena fontána pojmenována Pramen živé vody sv. Jana Sarkandra od sochaře Otmara Olivy (*1952). Voda dle tradičního vyprávění vytryskla po Sarkandrově smrti v cele, kde mučedník zemřel, a dnes je upomínkou na smutný osud katolického kněze.
